عاش العديد من منتخبات أزمات مختلفة قبل انطلاق النسخة الجديدة من كأس الأمم الأفريقية.
وتنوعت الأزمات بين صدام اللاعبين مع مدربيهم، والسقوط في فخ الخروج عن النص، فضلا عن الطامة الكبرى والمتعلقة برفض البعض الآخر خوض المباريات. نشبت أزمة قوية بين لاعبي منتخب المغرب، تسببت في خروج عبدالرزاق حمدالله من قائمة أمم أفريقيا. وبدأت الأزمة بعد خلاف حاد بين حمدالله مع زميله فيصل فجر، حول تسديد ركلة جزاء أمام غامبيا، ورغم الإعلان عن إصابة لاعب النصر السعودي، إلا أن ما حدث بعد ذلك ينفي صحة تلك الرواية.
كما دخل التونسي علي معلول في صدام عنيف داخل معسكر نسور قرطاج قبل أيام قليلة من البطولة مع المدير الفني آلان جيريس، تسبب في استبعاده من القائمة التي ستخوض البطولة، وضم كريم العواضي بديلا له.
من جانبه أقدم مدرب المنتخب الجزائري جمال بلماضي، على استبعاد متوسط الميدان هاريس بلقبلة من معسكر الخضر بالعاصمة القطرية بالدوحة. الأنباء المتواردة من الدوحة، كشفت عن سبب الاستبعاد المفاجئ، الذي جاء بعد ظهور لاعب نادي براست الفرنسي في مقطع فيديو غير لائق.
وقرر بلماضي وعقب نهاية ودية بوروندي استبعاد بلقبلة، بعد مشاهدته لمقطع الفيديو الذي يظهر فيه رفقة الحارس ألكسندر أوكيدجا، وتضمن فعلا غير أخلاقي.
كما سيطرت أزمة المستحقات على منتخبي الكاميرون وزيمبابوي بشكل كبير، بعدما هدد لاعبو الفريقين بعدم خوض البطولة. ولم يحضر حتى الآن منتخب الكاميرون إلى القاهرة بسبب مطالبة لاعبي الأسود بمستحقاتهم المتأخرة المتمثلة في مكافآت الفوز بلقب النسخة الماضية 2017، والمطالبة بالحصول على 40 مليون فرنك أفريقي، رغم حصولهم على 20 مليون. ولم يحسم منتخب الكاميرون حتى الآن موقفه من الحضور إلى القاهرة بسبب الأزمة.وفي موقف مشابه، تخلف لاعبو زيمبابوي عن خوض المران الختامي الخميس قبل لقاء مصر الجمعة في افتتاح أمم أفريقيا، وطالبوا بمستحقاتهم بشكل فوري قبل خوض اللقاء.
وبعد سلسلة من المفاوضات حدثت انفراجة، وأعلن الاتحاد الزيمبابوي التوصل إلى اتفاق وحل الأزمة مقابل منح اللاعبين وعدا بحصولهم على مستحقاتهم.